Хамелеони міняють колір не тільки для того, щоб замаскуватися від хижаків – мова кольору слугує їм для спілкування один з одним. Коли самець хамелеона бачить, що хтось зазіхає на його територію, він із зеленого і непомітного стає жовто-оранжевим. Зміна кольору повинна показати потенційному супротивникові, що його помітили і що йому краще піти. Такі різкі зміни відбуваються надзвичайно швидко, буквально за хвилину-другу.
У шкірі хамелеонів є два шари клітин, які називаються ірідофорамі: над шаром D-ірідофоров знаходиться шар S-ірідофоров. У тих і в інших містяться нанокристали азотистистої основи гуаніну, яка слугує джерелом кольору. Маніпулюючи кристалами гуаніну, рептилія змінює відображаючі властивості клітин.
Коли хамелеон перебуває в спокійному стані, нанокристали в них розташовані тісніше один до одного, і в забарвленні переважають синій і зелений кольори. У момент збудження відстань між кристалами гуаніну збільшується приблизно на 30%, і ірідофори стають світло-жовтими.
Те, що саме взаємне розташування нанокристалів визначає забарвлення клітин, стало очевидно з простого досвіду: ірідофори занурювали в високосолевой розчин, що змушувало клітини віддавати воду і ущільнуватись. Оскільки S-ірідофірів ставали меншими, то і частинки гуаніну в них зближувалися один з одним, і в результаті забарвлення "підсолених" клітин з жовтуватого робилось зеленим та синім.
Зміна забарвлення відбувається досить швидко, так що, мабуть, клітини шкіри підпорядковуються безпосередньо нейронних імпульсів, хоча не можна виключати і довготривалий вплив гормонів. Також поки невідомо, чи багато хамелеонів використовують такий механізм перефарбування.